Creo que para el sonido es más facil: Cambias los archivos OGG de la carpeta sounds/anomaly (creo) por otros archivos OGG con el mismo nombre. xD.
Luego para el color y los efectos es más chungo... Eso sí, si lo consigues cambiar, te doy la idea de poner el fuego así como verde radiactivo o blanco, para que quede más fantasmagórico... xD
Luego también se podría cambiar el color de las anomalías vórtice o remolino para que fuesen menos transparentes. Además, ahora me acuerdo que el STALKER Complete 2009 cambiaba el color de los "ponches de frutas" a azul

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Suerte en tu tarea camarada!